Năm 1645, Amangkurat được bổ nhiệm làm quân chủ hoặc lãnh đạo (susuhunan) của Mataram, kế vị cha mình. Sau đó ông lấy hiệu là Susuhunan Ing Alaga. Sau khi đăng quang vào năm 1646, ông lấy hiệu là Kanjeng Susuhunan Prabu Amangkurat Agung, viết tắt là Amangkurat. Trong tiếng Java, từ Amangku có nghĩa là "quản lý" và Rat có nghĩa là "thế giới", do đó Amangkurat có nghĩa là "quản lý thế giới". Sau đó, ông trở thành một quân chủ có toàn quyền đối với toàn bộ Vương quốc Hồi giáo Mataram và nước chư hầu. Trong lễ đăng quang của ông, tất cả các thành viên vương thất đều tuyên thệ trung thành với ông.[cần dẫn nguồn]

Cái chết của Sultan Agung của Mataram là điều bất ngờ, có nguy cơ xảy ra tranh chấp quyền kế vị và hỗn loạn.[1] Để ngăn chặn các tranh chấp quyền kế vị thách thức tính hợp pháp của mình, Amangkurat I (đăng quang với an ninh quân sự nghiêm ngặt vào năm 1646) đã phát động một số cuộc tấn công phủ đầu (ám sát, đồ sát và trận chiến) nhằm loại bỏ các đối thủ tiềm năng tranh giành vương vị, bao gồm nhiều quý tộc và thủ lĩnh quân sự.[1]

Amangkurat giành được lãnh thổ Mataram rộng lớn từ cha mình và kiểm soát tập trung hoá các lãnh thổ của mình. Khi lên ngôi, ông cố gắng mang lại sự ổn định lâu dài cho vương quốc, một quốc gia có quy mô đáng kể nhưng bị tàn phá do có các cuộc nổi dậy liên tục. Ông giết các lãnh đạo địa phương mà ông cho là không đủ cung kính mình, bao gồm cả quý tộc vẫn còn quyền lực từ Surabaya là cha vợ ông Pangeran Pekik.[2] Các nạn nhân khác là Tumenggung Wiraguna và Tumenggung Danupaya, những người được lệnh xâm chiếm Vương quốc Blambangan đã bị Vương quốc Bali chinh phục vào năm 1647, nhưng họ đã bị sát hại trên đường tiến về phía đông.[1] Toàn bộ gia đình Wiraguna sau đó cũng bị sát hại theo lệnh của Amangkurat.[1] Cuộc thanh trừng này khiến em trai của ông là Hoàng tử Raden Mas Alit (người bảo trợ của gia đình Wiraguna) cố gắng lật đổ ông, người này tấn công cung điện cùng với hỗ trợ của các giáo sĩ Hồi giáo (ulema) và một phe Hồi giáo sùng đạo vào năm 1648, nhưng họ bị đánh bại và Alit bị giết trong trận chiến.[1] Hai ngày sau, Amangkurat thực hiện thảm sát ulema và gia đình họ (khoảng 5.000–6.000 người) để đảm bảo quyền cai trị của ông.[1] Họ bị tập trung tại alun-alun (quảng trường thành phố) để bị giết.[3]

Amangkurat cũng ra lệnh đóng cửa các cảng biển [4] và phá hủy tàu thuyền ở các thành phố ven biển để ngăn chặn họ trở nên quá mạnh mẽ từ sự giàu có của mình. Để nâng cao vinh quang của bản thân, tân vương từ bỏ Cung điện Karta là thủ đô của Sultan Agung và chuyển đến một cung điện gạch đỏ lớn hơn tại Plered (cung điện trước được xây bằng gỗ).[5]